Tandis que le NAP avait été conçu pour noyauter les services locaux des branches administratives (Préfecture, Police, Ravitaillement, Electricité, PTT, SNCF), les résistants cherchaient également à noyauter les ministères, à atteindre le niveau gouvernemental par le biais de la haute administration (d'où le nom de « Super » NAP). Avec l'essor du NAP s'est constitué le Super-NAP, sous l'impulsion notamment de Libération-Sud. Dirigé par Maurice Nègre, fonctionnaire des Affaires étrangères, et Bernard de Chalvron, le Super-NAP avait pour mission de noyauter la haute administration et de prévenir les résistants des arrestations et des rafles, d'effectuer des sabotages techniques ou administratifs, des coups de main, des destructions, etc. Par ailleurs, il devait permettre de grouper et de transmettre tous les renseignements d'ordre militaire, de détecter et repérer tous les éléments susceptibles de participer à la libération (Gendarmerie, Garde mobile et Garde du maréchal), de les grouper et de les organiser en liaison avec la Résistance locale dans le but ultime de préparer la prise de pouvoir dans les différents ministères.

Le Super-NAP parvint notamment à noyauter deux services de première importance :
- le Centre d'Ecoutes officielles du gouvernement de Vichy, dirigé par le commandant Gabriel Romon, acquis à la Résistance et qui place à sa disposition l'ensemble des écouteurs, lui fournit des opérateur radio qualifiés et l'aide à organiser de nouvelles liaisons avec Londres et Alger
- le Service du Travail Obligatoire (STO) : Robert Ladel, fonctionnaire résistant du commissariat au Chômage, en devient secrétaire général : dans plus de 20 départements, les directeurs du STO sont des membres de la Résistance. En liaison avec Léo Hamon du Comité d'Action contre la Déportation, Ladel organise l'incendie du fichier central du STO dans les locaux de la place-Fontenoy.

L'année 1944 vit la fusion du NAP et du Super-NAP.